La villa de Navas de Bureba comenzó a existir a finales del siglo IX tras la reconquista de Poza de la Sal, Piedralada, Pancorbo, Cerezo, Ibrillos y otros puntos que permitieran a los foramontanos y a las gentes de las Merindades repoblar la Bureba, cultivar sus campos abandonados y fundar muchas aldeas. La primera referencia escrita en la que se cita a Navas de Bureba aparece en un documento del Monasterio de San salvador de Oña en el año 1011, dicho documento muestra los límites de Solduengo y cita a Navas, villa con más de un siglo de existencia en ese momento.
A partir de esa fecha las referencias a Navas de Bureba son constantes en el archivo de Oña, ya que la vida cultural y económica de este gran núcleo de población se dejo sentir en la vecina Navas, un sencillo pueblo burebano de labradores y pastores. En el año 1111 la reina Urraca firmó un decreto de donación del que puede hacerse una doble lectura. Por un lado, de una manera absoluta según la cual Navas se transfería al Monasterio de Oña y su abad se convertiría en señor de la villa, como "alguacil de cuanto a mi me pertenece".
Y, por otro lado, se puede interpretar de manera restrictiva por cuanto dice que "entrega la herencia mia en la villa". Es decir, que la célebre reina no dio la villa entera, sino solo aquellas fincas que fueran de su propiedad. Según el trascurso de la historia parece que finalmente Navas no perdió su soberanía municipal, pues siempre permaneció siendo una villa de realengo aunque fueran los monjes los principales propietarios. Hay varios documentos que reflejan la vida y los derechos de los sucesivos señores de la villa, pero Navas de Bureba fue en todo momento un lugar tranquilo, cuyos habitantes vivían de su trabajo en el campo -donde se dan sobre todo cereales y viñedos- y del ganado, ya que todavía en el primer tercio del siglo XIX se trataban asuntos de trashumancia para aprovechar los pastos altos de su término municipal.
En el siglo XVIII Navas, que siempre perteneció al alfoz de Poza y a la Merindad de la Bureba, sigue en el realengo y firma con otros pueblos la cuadrilla de la Vid de la Bureba. En documentos de 1843 se afirman que residían en Navas de Bureba cerca de cien vecinos.
